El 06 de diciembre de 1990 un grupo de médicos interesados en las epilepsia se organizó para construir un grupo de estudios que se denominó Grupo Chileno de Epilepsia. Se nombró como director al DR. MARCELO DEVILAT y como subdirector al DR. JAIME GODOY. Los objetivos del grupo fueron científicos, de investigación, docencia y colaboración social. Desde su fundación el grupo realizó 82 sesiones de trabajo científico y docente, organizo 8 simposios, un congreso latinoamericano de epilepsia en 1995 y editó durante sus 6 últimos años un boletín dedicado al tema de la epilepsia.

Objetivos de la Sociedad  

Después de 9 años de actividades el grupo, con 51 socios, se autodisolvió para dar origen el 13 de Marzo de 1999 a la Sociedad Chilena de Epilepsia. Ese día se eligió al primer directorio de la Sociedad presidido por el Dr. Marcelo Devilat. En Septiembre del mismo año, en Praga, la sociedad fue reconocida como capítulo Chileno de la Liga Internacional contra la Epilepsia y en Septiembre del 2000, la novel sociedad organizó la instauración del Día Latinoamericano de la Epilepsia, la Declaración de Santiago para la Epilepsia Latinoamericana y el Primer Congreso Latinoamericano de Epilepsia en Santiago de Chile.

El 15 de Febrero de 2001 por sugerencia de las autoridades, como condición para otorgar la personería jurídica, la Sociedad debe cambiar a su nombre actual, por cuanto el anterior era similar al de otras instituciones.

La Sociedad ha conservado los antiguos objetivos del Grupo Chileno de Epilepsia según rezan sus estatutos: "La corporación tiene por finalidad desarrollar actividades científicas, de investigación y docencia y colaborar académicamente con las instituciones dedicadas a los problemas sociales que presenta el síndrome"